Le changement climatique global affecte un grand nombre d’espèces marines. Il modifie les courants et les températures de l’eau qui assurent le bon fonctionnement du milieu. Ces espèces doivent alors modifier leur flux migratoire, c'est-à-dire la quantité d’individus migrant ou encore la route suivie, et les zones et la nature de leurs ressources alimentaires. 

De plus, l’augmentation du CO2 atmosphérique produit par l’Homme va engendrer une acidification des océans par le processus d’assimilation du CO2 lors de la photosynthèse. Plus il y a des CO2 dans l’atmosphère, plus les océans subissent une acidification. Cela se répercute sur nos récifs coralliens qui sont particulièrement sensibles au Ph de l’eau. Les coraux vont devoir déployer plus d’énergie pour construire leur squelette calcaire. Une acidification trop brutale pourra même entraîner un phénomène de blanchissement corallien.

De nombreuses menaces d’origine humaine peuvent porter atteinte à la diversité biologique présente au large.

Les déchets retrouvés au large peuvent provoquer des blessures sur la faune qui s’y emmêle, s’étrangle avec ou les ingère. Certains organismes peuvent également utiliser la dérive des déchets pour coloniser de nouveaux milieux où ils menaceront l’équilibre des écosystèmes. Parmi les déchets retrouvés au large, on peut citer des bouteilles, sacs, emballages, plastiques, ainsi que des particules de nano et micro plastiques plus facilement ingérables par les animaux et dont on connait peu les impacts sur les espèces.

L’utilisation massive de Dispositifs de Concentration de Poissons (DCP) dérivants peut modifier les trajectoires migratoires de certaines espèces, les rendant ainsi inaccessibles aux pêcheurs côtiers. La pêche sur DCP dérivants génère également d’importantes captures accidentelles d’espèces non ciblées et rejetées à la mer, et parfois des espèces sensibles comme les tortues marines et les requins. Les DCP laissés à la dérive constituent des déchets qui peuvent blesser les animaux, ceux-ci étant encore souvent constitués des restes de matériels de pêche.

Le braconnage représente également une menace pour le milieu car les captures non déclarées ne sont pas comptabilisées dans l’évaluation des stocks. Cette évaluation permet pourtant de garantir une exploitation durable des ressources.