S’ils ont leurs caractéristiques propres, ils subissent des pressions similaires à celles supportées par les habitats proches de la Grande-terre, comme la pollution qui a les mêmes conséquences sur les récifs frangeant et les platiers qui les entourent. De plus, ils sont naturellement soumis à l’érosion des vagues et à l’action des courants. Si certains sont protégés par un récif frangeant, d’autres sont à la merci du lagon. Les îlots de sable blanc notamment sont modelés par les courants et voient leur taille et leur forme changer.

Isolés, ils attirent une population qui y fait de nombreux pique-niques et bivouacs. Les usagers abandonnent derrière eux des déchets qui resteront sur place, ne bénéficiant d’aucun ramassage ni de tri, ou seront emportés par la mer et iront polluer d’autres plages. 

• A l’occasion de ces arrêts au milieu du lagon, il peut aussi être tentant de pratiquer la randonnée palmée sur les récifs frangeants bordant certains îlots. Tout comme sur Grande-terre, les coups de palme y cassent les coraux et il convient de faire particulièrement attention lors d’une baignade.
• La valse des bateaux représente une autre pression importante. Lorsqu’ils jettent l’ancre au bord des îlots ou s’échouent volontairement sur les plages, les bateaux endommagent les écosystèmes bordant les îlots. Des mouillages écologiques ont été installés par le Parc naturel marin de Mayotte afin de préserver les fonds.
  Ensuite, les bateaux aux moteurs bruyants et leurs dizaines de passagers qui débarquent chaque jour aux abords des îlots, sont la source de dérangement principale des oiseaux migrateurs au repos. Voir des centaines de sternes s’envoler toutes ensembles est un superbe spectacle et certains sont tentés de courir vers elles pour provoquer l’envol de l’essaim. Ces dérangements réguliers génèrent des dépenses énergétiques intempestives et les oiseaux, épuisés, peuvent ensuite ne pas survivre à leur migration. A terme, les oiseaux migrateurs pourraient délaisser ces sites de repos, appauvrissant la biodiversité du lagon.
• L’agriculture et l’élevage développés sur les plus grands îlots peuvent aussi appauvrir la biodiversité, notamment dans le cas de la monoculture, de bananes ou de manioc par exemple.