Le Parc participe au suivi des oiseaux côtiers opéré avec le Groupe d’étude et de protection des oiseaux de Mayotte (GEPOMAY). Ce suivi s’intègre dans l’observatoire du patrimoine naturel littoral géré au niveau national par Réserves naturelles de France (RNF). Il comporte notamment le recensement des principaux reposoirs de sternes à partir d’observations depuis le bateau du Parc, et le suivi des sites de reproduction des pailles-en-queue.

Par ailleurs, le Parc et Gepomay mènent un suivi des laro-limicoles et des ardéidés de la vasière des Badamiers.

Le Parc suit également les avancées du PNA crabier blanc opéré par le GEPOMAY et bénéficiant d’un cofinancement LIFE et OFB.