Le conseil de gestion, qui assure la gouvernance du Parc, compte 46 membres et est composé d’acteurs locaux. Il se réunit au moins 2 fois par an. Ses membres sont élus pour 5 ans.
De façon collégiale, il a élaboré le plan de gestion adopté fin 2012, il décide des actions à mener, et prend les décisions que met en œuvre l’équipe technique du Parc.

M. Abdou DAHALANI a été élu président par les membres du conseil de gestion le 17 mai 2018, suite à la démission fin 2017 de l’ancienne présidente. Il siègera jusqu’au renouvellement du conseil de gestion en 2020.
M. Abdou DAHALANI, qui siégeait au Parc depuis sa création en tant que vice-président issu de la catégorie des personnalités qualifiées, est également Président du Conseil économique, social et environnemental de Mayotte (CESEM) depuis 8 ans. 
À la présidence du conseil de gestion du Parc, M. DAHALANI est assisté de 4 vice-présidents : 

• Naïlane Attibou issu du collège des associations environnementales ;
• Régis Masseaux issu du collège des organisations professionnelles ;
• Madi Saindou issu du collège des associations d’usagers de loisirs ;

• Eric Bellais, issu du collège des personnalités qualifiées.