En l’absence d’Office de l’Eau à Mayotte, le Parc assure depuis 2013 le suivi de la qualité des masses d’eaux marines de Mayotte. Les données acquises alimentent le rapportage fait par la France à l’Union européenne pour le suivi des objectifs d’atteinte de bonne qualité environnementale.
Ce suivi se traduit par la mesure de nombreux paramètres océanographiques (température, salinité, pH, tubidité…) deux fois par an et sur 17 stations du lagon.
Les résultats sont accessibles sur le site de l’Ifremer.